Kardiochirurgická ambulancia zabezpečuje akútne príjmy na kliniku kardiochirurgie (disekcia aorty, tamponády, exudatívne perikarditídy), ako aj elektívne príjmy na operáciu u tých pacientov, ktorí absolvovali kompletnú diagnostiku na kardiologickej klinike ústavu alebo v iných kardiocentrách. Realizuje preväzy operačných rán pacientov. Dispenzarizuje vybrané skupiny operovaných pacientov.