Zabezpečuje špecializovanú kardiologickú nemocničnú, ambulantnú starostlivosť o deti s vrodenými a získanými ochoreniami srdcovo-cievneho systému s celoslovenskou pôsobnosťou, vrátane pacientov s dlhodobou mechanickou podporou, po transplantácii srdca. Je tiež centrom pre liečbu pľúcnej hypertenzie v detskom veku.