Úsek hygieny vykonáva dohľad nad dodržiavaním protiepidemických opatrení na zabránenie vzniku a šíreniu nozokomiálnych nákaz. Pripravuje  odborné a metodické usmernenia pre oddelenia v problematike prevencie ochorení súvisiace s poskytovaním zdravotnej starostlivosti. Vypracováva ošetrovateľské štandardy týkajúce sa dekontaminácie mikrobiálnej záťaže prostredia.

Spolupracuje pri vypracovávaní  a posudzuje prevádzkové poriadky oddelení v oblasti hygienicko- epidemiologického režimu. Odoberá vzorky z prostredia a rúk zamestnancov a vykonáva objektívne hodnotenie výsledkov.

Vykonáva vstupné školenie zamestnancov v postupoch týkajúcich sa ochrany pacientov pred vznikom nozokomialných nákaz. Spolupracuje pri posudzovaní a realizácii priestorovo-dispozičného a materiálno-technického vybavenia pracovísk z hľadiska požiadaviek hygienicko-epidemiologického režimu.

Nariaďuje represívne opatrenia pri vzniku závažných nozokomialných nákaz a kontroluje ich dodržiavanie. Spolupracuje s Úradom verejného zdravotníctva SR počas epidemiologických šetrení príčin vzniku nozokomiálnych nákaz u pacientov a kontaktov.

Vykonáva surveillance nozokomiálnych nákaz.